Tak, na domenie i subdomenie można postawić dwie zupełnie różne strony. I tak, mogą to być też dwa różne sklepy, a na dodatek te dwa sklepy mogą korzystać z tej samej bazy danych.
Tylko trudno powiedzieć czy jest to łatwe do wdrożenia korzystając np. z PrestaShop. Możliwe, że wymagana będzie praca programisty, który ewentualnie zmodyfikuje ci trochę ten sklep na subdomenie.